En Chile, las licencias médicas están reguladas con detalle y existen distintos tipos según la causa que las origina: desde una enfermedad común hasta situaciones más complejas como maternidad, accidentes laborales o el cuidado de un hijo con una condición grave.

Para el empleador y para quienes gestionan nóminas, entender cómo funcionan estas licencias, quién las paga y qué responsabilidades implica cada caso es fundamental.

En este artículo revisaremos los tipos de licencias médicas en Chile, el proceso de emisión, las obligaciones y, sobre todo, cómo puedes optimizar la gestión interna con apoyo tecnológico.

Aspectos destacados

  • Una licencia médica es un derecho laboral regulado en Chile que protege al trabajador en caso de enfermedad, accidente, maternidad o cuidado de familiares.
  • Existen distintos tipos de licencias: enfermedad común, accidente laboral, maternidad, enfermedad grave de hijos, entre otras.
  • El proceso de emisión comienza con el médico tratante, luego el empleador debe completar el trámite, posteriormente hay una revisión por parte de la Contraloría Médica y, una vez aprobada, se procede al pago.
  • Cada licencia tiene reglas específicas.
  • Un error frecuente es el retraso en la entrega o la gestión deficiente, lo que puede generar rechazos.
  • La digitalización simplifica la gestión de personal de la empresa.

¿Qué es una licencia médica y cuál es su objetivo?

Una licencia médica es el documento legal que certifica la incapacidad temporal de un trabajador para desempeñar sus funciones, debido a una enfermedad, accidente, embarazo o situaciones especiales reguladas por la ley.

En términos prácticos, es el respaldo que le permite al trabajador ausentarse de sus labores sin perder el derecho a remuneración, ya que esta se reemplaza por un subsidio por incapacidad laboral (SIL).

En Chile, el marco legal que regula las licencias médicas se encuentra en la Ley N° 20.585, vigente desde 2012, la cual fijó las bases para su otorgamiento y correcto uso.

Más recientemente, en 2025, se promulgó la Ley N° 21.746, que vino a reforzar ese esquema, entregando mayores atribuciones a los organismos fiscalizadores y estableciendo sanciones más estrictas frente a irregularidades.

Con esta actualización, el sistema busca equilibrar el derecho de los trabajadores con un control más eficiente del gasto en salud y la prevención de abusos.

El objetivo de la licencia médica va más allá de cubrir una ausencia:

  • Protege la salud del trabajador, dándole el tiempo necesario para recuperarse.
  • Asegura continuidad en los ingresos, mediante subsidios pagados por Fonasa o Isapre según el caso.
  • Genera un marco de seguridad jurídica para empleadores y trabajadores, evitando conflictos por ausencias no justificadas.

Ejemplo práctico

Imagina que un trabajador de tu empresa presenta una enfermedad común y el médico le indica 10 días de reposo. La licencia médica valida su ausencia y asegura que no perderá ingresos durante ese período.

¿Quiénes tienen derecho a la licencia médica en Chile?

Todos los trabajadores dependientes e independientes (públicos y privados) tienen derecho a tramitar una licencia médica, siempre que estén afiliados a Fonasa o a una Isapre.

La clave está en estar cotizando en alguno de estos sistemas de salud, ya que sin esa afiliación no hay cobertura para el subsidio por incapacidad laboral.

Tipos de licencias médicas

En Chile, las licencias médicas se clasifican según la causa que origina la incapacidad laboral. 

Para quienes trabajan en RRHH, contabilidad o administración, conocer estas categorías no es un detalle menor:

1. Licencia por enfermedad común

Es la más frecuente. Se otorga cuando el trabajador presenta una enfermedad o accidente que no está relacionado con su trabajo.

  • Duración: depende de la evaluación médica, usualmente entre 3 y 15 días.

Ejemplo: un analista de finanzas recibe 12 días de reposo por influenza. Como la licencia supera los 11 días, el subsidio cubre desde el primer día de ausencia. Si hubiera sido solo por 7 días, el pago comenzaría desde el cuarto.

2. Medicina preventiva

Correspondiente a la prórroga de medicina preventiva, prácticamente no se utiliza en la actualidad. Aunque todavía aparece mencionada en el formulario oficial de licencias médicas, en la práctica ha quedado en desuso.

3. Licencia por maternidad

  • Prenatal: 6 semanas antes del parto.
  • Postnatal: 12 semanas después del nacimiento.

4. Licencia por enfermedad grave en hijos menores de un año

Otorga a la madre o al padre el derecho a ausentarse del trabajo para cuidar al menor en situación de salud crítica.

  • Duración: depende del diagnóstico y el tratamiento.

Ejemplo: un padre solicita licencia para acompañar a su hijo de 8 meses hospitalizado por neumonía grave.

5. Licencia por accidente del trabajo o en el trayecto

Aplica cuando la incapacidad se genera directamente en el ejercicio laboral o en el trayecto hacia/desde el trabajo.

  • Duración: hasta que el trabajador esté en condiciones de reincorporarse.

Ejemplo: un operario sufre una caída dentro de la planta industrial y recibe 20 días de reposo.

6: Licencia médica por enfermedad profesional

Las enfermedades profesionales son aquellas que se originan directamente en el trabajo o como consecuencia de las tareas que realiza el trabajador.

Por ejemplo, trabajadores expuestos a movimientos repetitivos, ruidos, sustancias químicas o malas posturas prolongadas pueden desarrollar condiciones específicas que requieren reposo y tratamiento.

Ejemplos de enfermedades profesionales frecuentes: síndrome del túnel carpiano, muy común en labores administrativas o de digitación intensiva, e hipoacusia laboral, en trabajadores expuestos a ruidos fuertes en fábricas o construcción.

7. Licencias por patologías en el embarazo

Existen además licencias especiales relacionadas con complicaciones de la gestación, como preeclampsia, hemorragias o embarazo ectópico.

  • Duración: variable según el diagnóstico.

Ejemplo: una trabajadora embarazada recibe 21 días de licencia por hipertensión gestacional, que puede extenderse si la condición persiste.

¿Quién puede emitir una licencia médica?

En Chile, sólo pueden emitir licencias:

  • Médicos cirujanos,
  • Cirujanos-dentistas,
  • Matronas, cuando la condición lo amerita (por ejemplo, control de embarazo o parto).

Proceso de emisión de la Licencia Médica Electrónica: Pasos a seguir

La Licencia Médica Electrónica (LME) es hoy la norma en Chile y ha permitido reducir tiempos, errores y trámites presenciales.

Su flujo es simple, pero requiere que tanto el trabajador como el empleador cumplan con los plazos establecidos. Veamos cómo funciona paso a paso:

1. Emisión

El proceso comienza cuando el trabajador consulta a un profesional de salud autorizado (médico, dentista o matrona). 

Si la condición lo amerita, se prescribe una licencia médica por un período determinado.

  • Si el empleador está adscrito al sistema electrónico, la licencia se genera en línea y llega automáticamente.
  • En casos excepcionales, puede emitirse en papel; en ese escenario, el trabajador debe entregar el documento a su empleador dentro de los plazos legales (2 días hábiles en sector privado, 3 días en sector público).

Ejemplo práctico: un trabajador de oficina recibe una licencia de 7 días por bronquitis. El médico la registra digitalmente y el empleador la recibe casi en tiempo real a través del sistema electrónico.

2. Tramitación

Aquí entra en juego el rol del empleador. Debe completar los antecedentes laborales y previsionales en la LME y enviarla a la entidad que corresponda:

  • COMPIN, si el trabajador cotiza en Fonasa y la empresa no está afiliada a una Caja de Compensación.
  • CCAF, si cotiza en Fonasa y el empleador sí está afiliado a una Caja.
  • Isapre, si el trabajador pertenece a una aseguradora privada.

En esta etapa se revisa que toda la documentación esté en orden. Si falta información (por ejemplo, sobre remuneraciones o cotizaciones), la licencia puede quedar retenida.

3. Pronunciamiento

La licencia pasa luego a la Contraloría Médica, que analiza:

  • El diagnóstico.
  • La justificación médica del reposo.
  • La congruencia entre los días otorgados y la condición clínica.

En base a ese análisis, se puede:

  • Aprobar la licencia (tal como fue emitida).
  • Reducir o ampliar el tiempo de reposo.
  • Rechazarla si no cumple requisitos médicos o legales.
  • Modificar su condición (por ejemplo, de total a parcial).

El trabajador tiene derecho a apelar si considera que el pronunciamiento es injustificado.

4. Cálculo y pago

Cuando la licencia es aprobada, la entidad administradora realiza el cálculo del Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL), que reemplaza la remuneración durante el período de reposo.

  • El monto se determina en función de las remuneraciones imponibles de los últimos tres meses trabajados.
  • Solo se paga desde el cuarto día de reposo, salvo que la licencia sea superior a 10 días, en cuyo caso se cubre desde el primer día.

En el informe anual de la Superintendencia de Seguridad Social sobre licencias médicas de 2023, se indica que el sistema pagó un total de MM$2.859.471 por concepto de Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL), lo cual representa un 10,5 % menos que en 2022.

Claves para RRHH y contabilidad

El proceso puede parecer sencillo, pero en la práctica los plazos ajustados y la documentación requerida lo vuelven un desafío para las áreas de gestión de personas.

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Cómo mejorar la gestión de licencias médicas

La correcta administración de las licencias médicas no solo es una obligación legal, también es un tema estratégico para la continuidad operativa.

Cada error, ya sea por plazos incumplidos o formularios mal completados, puede traducirse en costos adicionales para la empresa y en una pérdida de confianza por parte de los colaboradores.

Para minimizar esos riesgos y ganar eficiencia, hay varias prácticas recomendadas:

Estandariza procesos internos: Diseña un protocolo claro para la recepción, validación y envío de licencias. Esto reduce la dependencia de una sola persona y evita improvisaciones.

Capacita a tu equipo de RRHH y contabilidad: Muchas veces los rechazos se deben a simples errores de llenado o a desconocimiento de los plazos. Una capacitación periódica en normativa y gestión administrativa es una inversión que se paga sola.

Aprovecha la digitalización: Con la Licencia Médica Electrónica, la gestión en papel es cada vez más residual. Implementar plataformas que te permitan centralizar documentos y automatizar recordatorios puede marcar la diferencia.

Monitorea indicadores de ausentismo: Llevar un registro actualizado de las licencias médicas te permite detectar patrones de ausentismo, prever cargas de trabajo y tomar decisiones más informadas sobre dotación de personal.

Apóyate en la tecnología para el resto de tu gestión laboral: La administración de licencias no es un proceso aislado: forma parte de un sistema mucho más amplio de control de asistencia, remuneraciones y obligaciones previsionales.

Herramientas como el Software de Remuneraciones de Nubox aportan valor real. Al automatizar cálculos, generar reportes y mantener todo en línea con la normativa, logras liberar tiempo de tu equipo para enfocarse en tareas estratégicas en lugar de operativas.

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Las licencias médicas en Chile son un tema que combina salud, derecho laboral y gestión administrativa.

Conocer sus tipos, plazos y procesos te permite no solo cumplir con la normativa, sino también proteger la continuidad de tu negocio y la confianza de tu equipo.

En un entorno donde los costos asociados a subsidios superan los miles de millones de pesos cada año, contar con procesos claros y apoyarse en herramientas digitales se vuelve indispensable para que la gestión de personas sea más eficiente y estratégica.

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